Para listar os diretórios que estão utilizando mais espaço em disco por SSH utilize o comando abaixo:

du -ah --max-depth=1 | sort -hr

Onde a variável max-depth corresponde ao nível de profundidade da pesquisa. Quanto maior o número, mais profunda será a pesquisa. Dessa forma se por exemplo substituirmos o número 1 por 3, nos resultados aparecerão diretórios até o terceiro nível.